شورای نگهبان در بیانیه‌ای با تسلیت شهادت اسماعیل هنیه تاکید کرد: اقدام وحشیانه رژیم صهیونیستی بی‌پاسخ نخواهد ماند و ان‌شاءالله مجازاتی سخت و پشیمان‌کننده به جنایتکاران داده خواهد شد.

دبیرخانه کنفرانس بین المللی حمایت از فلسطین مجلس با صدور بیانیه‌ای، ترور اسماعیل هنیه را محکوم کرد.

رئیس‌ مجلس‌ شورای‌ اسلامی با بیان اینکه جمهوری اسلامی ایران خونخواهی شهید اسماعیل هنیه را وظیفه قطعی خود می‌داند، گفت: شهادت اسماعیل هنیه این مجاهد والامقام باعث تقویت پیوندهای ناگسستنی مسلمانان و پایبندی و اتحاد بیشتر مجاهدان جبهه مقاومت و آزادی‌خواهی در راه مبارزه با غاصبان و جنایتکاران خواهد بود.

عضو کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس با تاکید بر اینکه محور مقاومت همچنان قدرت اصلی را در غرب آسیا در اختیار دارد،‌ گفت: شاهد ظهور فرماندهان دیگری در طراز فرماندهان شهید جبهه مقاومت خواهیم بود و این اقدام جنایتکارانه خللی در مسیر مبارزه امت اسلامی برای آزادی قدس شریف ایجاد نمی‌کند.

وزارت خارجه ایران در واکنش به ترور رئیس دفتر سیاسی حماس در تهران، با تأکید بر حق ذاتی ایران در پاسخ به اقدام متجاوزانه رژیم صهیونیستی علیه حاکمیت و تمامیت سرزمینی خود، اعلام کرد «انتظار دارد کشورها و سازمان‌های بین‌المللی تدابیر سیاسی، حقوقی و تنبیهی لازم را در قبال این رژیم یاغی اتخاد کنند».

عضو هیات ایران در نشست کمیته مقدماتی کنفرانس بازنگری معاهده منع گسترش تسلیحات هسته‌ای گفت که ترور شهید هنیه، نقض فاحش اصول اولیه حقوق بین‌الملل و منشور سازمان ملل است.

دبیرکل جنبش مقاومت اسلامی نُجَباء در واکنش به ترور رئیس دفتر سیاسی جنبش حماس تاکید کرد که اسرائیل از عواقب اقدام بزدلانه خود خلاصی نخواهد یافت.

کمیته حمایت از انقلاب اسلامی مردم فلسطین نهاد ریاست جمهوری در بیانیه‌ای تاکید کرد: آمریکا و دنباله‌روهای اروپایی و منطقه‌ای اش شریک جرم اقدام تروریستی علیه دکتر هنیه هستند.

سرپرست وزارت خارجه در پی شهادت اسماعیل هنیه در پیامی نوشت: جمهوری اسلامی ایران این اقدام مجرمانه نفرت‌انگیز را به شدیدترین وجه ممکن محکوم نموده و بر حق خود برای پاسخ مناسب تأکید می‌نماید.

نمایندگی ایران در سازمان ملل در نیویورک در پی ترور اسماعیل هنیه، رئیس دفتر سیاسی حماس در تهران، اعلام کرد: پاسخ ترور، عملیات ویژه‌ است؛ اما سخت‌تر و پشیمان‌کننده.